从生态系统的角度改善长江水域生态环境, 恢复物种数量　　总体来看, 鱼类物种数的变化受整体生态缓解质量的影响, 物种数的提高依赖于整体生态系统的修复。因此, 建议从生态系统的角度, 在栖息地保护与修复、水污染治理等方面, 整体上改善长江流域的生态环境, 恢复鱼类多样性。其中, 栖息地保护与修复包括加强对干流自然流水河段保护, 对支流小水电站进行分类整改, 在条件适宜的支流实施全面生态修复工程, 恢复河流自然流态, 恢复特有鱼类资源; 逐步有序恢复长江中下游河湖连通及其自然水文过程, 为鱼类提供良好的生境条件。水污染治理应加强点、面源污染科学防治, 尤其要严格禁止水生生物保护区、重要栖息地的污染排放, 建立系统污染监测网络, 保障水生生物栖息环境健康安全。

采取人工辅助措施拯救珍稀濒危物种　　随着十年禁渔等措施的实施, 长江生态环境将会明显改善, 鱼类资源将会显著恢复, 但是仍有部分珍稀特有物种的濒危状态难以得到有效缓解。例如, 中华鲟繁殖群体数量急剧减少, 2020年已不足20尾, 而且中华鲟自然繁殖活动出现中断。长江鲟曾是长江上游重要的经济捕捞对象。20世纪后期, 长江鲟自然种群规模急剧缩小, 2000年左右其自然繁殖活动停止, 自然种群已无法自我维持。因此, 建议持续推进珍稀濒危物种拯救行动计划, 通过人工增殖、栖息地保护等多项保护和修复措施, 全力扭转长江水生生物资源衰退趋势。

外来种防控　　监测表明, 外来种入侵威胁着长江鱼类多样性和水域生态安全。蓄水后三峡库区发现外来入侵鱼类23种, 且部分物种的种群数量呈暴发趋势; 长江下游发现外来鱼类33种^{[15, 16]}。这些外来种大多繁殖力高、食性杂、扩散能力强, 具有较强的生态适应能力, 它们一旦在野外成功建群, 可以通过竞争、捕食、杂交等方式对土著物种构成直接威胁, 或者通过对环境的干扰和破坏间接影响土著种类, 导致生物多样性降低。建议加强外来种的管控, 通过研究其入侵途径和扩散机制, 科学预测外来种入侵引起的生态学效应, 建立科学有效的预警、防控技术体系。