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Position: Home > Articles > SNPs screening and bioinformatics analysis of MEF2A gene in Xingyi duck Guangdong Agricultural Sciences 2015,42 (4) 86-92+2

兴义鸭MEF2A基因的SNPs筛选及其生物信息学分析

作  者：
彭邦星;李辉;张达;易恒洁;赵忠海;廉明政
单  位：
贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室/贵州大学动物科学学院/贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室;山东大学生命科学学院
关键词：
兴义鸭;MEF2A基因;SNPs;生物信息学
摘  要：
为了解鸭MEF2A基因的功能和结构以及其对鸭遗传效应的影响,采用混合DNA池、基因克隆、PCR产物直接测序和生物信息学相结合的方法 ,对兴义鸭的MEF2A基因进行研究。结果并未发现SNP位点,运用生物信息学方法对其蛋白质一级结构和二级结构进行分析,发现其包含33个α螺旋、20个β折叠、44个无规则卷曲。将获得的鸭的MEF2A蛋白序列与NCBI上提交的家鼠、牛、斑马鱼、猪、鸡的MEF2A序列相比对,结果显示:鸭与鸡、鱼的亲缘关系相近,与家鼠的亲缘关系较远。
译  名：
SNPs screening and bioinformatics analysis of MEF2A gene in Xingyi duck
作  者：
PENG Bang-xing;LI Hui;ZHANG Da;YI Heng-jie;ZHAO Zhong-hai;LIAN Ming-zheng;Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction in the Plateau Mountainous Region,Ministry of Education, Guizhou University/College of Animal Science, Guizhou University/Guizhou Key Laboratory of Animal Genetics,Breeding and Reproduction;College of Life Science, Shandong University;
关键词：
Xingyi duck;;MEF2A gene;;SNPs;;bioinformatics
摘  要：
In order to understand the structure and function of duck MEF2 A gene and to understand their genetic effect on duck, MEF2 A gene was cloned by bioinformatics and PCR, and the polymorphisms of exon of MEF2 A gene in Xingyi duck were detected by direct sequencing of PCR products. The results showed that there was no SNPs. Using bioinformatics method, the primary protein structure and secondary structures were analyzed, the results showed that, the protein contained 33 α-helics, 20 β-sheets and 44 irregular coils. We got the duck MEF2 A protein sequences and blasted MEF2 A protein sequences to Mus musculus, Bos tarurs, zebra fish, Susscrofa domestica, Gallus domestiaus in NCBI, the results showed that duck had nearly genetic relationship with G.domestiaus and zebra fish, had far genetic relationship with M. musculus.

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