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文蛤转录组中微卫星位点生物信息分析

作  者:
田镇;陈爱华;吴杨平;陈素华;张雨;曹奕;张志东;李秋洁
单  位:
江苏省海洋水产研究所;上海海洋大学水产科学国家级实验教学示范中心
关键词:
文蛤;转录组;微卫星特征;生物信息分析;
摘  要:
采用生物信息学方法分析了文蛤(Meretrix meretrix)转录组中微卫星序列(简单重复序列,simple sequence repeat)的分布规律。结果表明:在文蛤转录组SSR中,单碱基重复序列的数量最多,有3 001个;其次为三碱基和四碱基重复序列,分别为2 254和2 200个;二碱基重复序列1 052个;五碱基重复序列332个;六碱基重复序列最少,仅13个。文蛤转录组SSR共包含26种重复基元,其中优势基元为单碱基重复A/T有2 809个,其次为三碱基重复AAC/TTG有907个,四碱基和二碱基重复中的AAAC/TTTG和AT/TA分别有588和561个,说明文蛤转录组微卫星位点的分布对A/T具有偏好性。文蛤完整SSR的平均长度为18.34 bp,长度分布在12~20 bp,约占41%。研究结果将为研究文蛤SSR标记开发、群体遗传多样性、遗传连锁图谱、种质资源鉴定和分子遗传育种等后续研究提供基础数据。

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