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奶牛黏膜病的BVDV HJ-1株全基因组序列分析

作  者:
邵红;张林雁;夏立勇;佟海山;李旭阳;周玉龙;张旭
单  位:
黑龙江省东宁市畜牧兽医服务总站;杜尔伯特蒙古族自治县畜牧技术服务中心;黑龙江八一农垦大学人文社会科学学院;黑龙江八一农垦大学动物科技学院
关键词:
黏膜病;牛病毒性腹泻病毒;全序列;生物信息
摘  要:
BVDV HJ-1分离株属于1b基因亚型是引起奶牛发生黏膜病和出血综合症病原,导致高病死率.为了解BVDV HJ-1株的遗传学特征,研究应用PCR方法分13段扩增其全基因组序列,通过克隆测序最终组装出全序列.应用生物信息学软件对BVDV HJ-1基因序列同源性、跨膜结构域、糖基化位点、5'UTR一级结构与二级结构的差异等进行分析.结果测得该毒株全序列为12282 nt,与参考毒株相比存在高度变异,序列同源性在70.1%~93.5%,尤其是非结构蛋白NS4A、NS4B和NS5A同源性在49.0%~93.0%.E1-E2存在5个潜在的跨膜信号区,结构蛋白上富含14个潜在的糖基化位点,5'UTR I区和Ⅲb-Ⅲe区相对保守,不同毒株之间II区的二级结构变异大.总之,BVDV HJ-1株全基因组序列信息丰富了我国BVDV的遗传学数据资源,为下一步疫苗的研制和致病机理的研究奠定了基础.
译  名:
Complete Genome Sequence Analysis of BVDV HJ-1 Strains from Mucosal Disease in Dairy Cows

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