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Position: Home > Articles > Bioinformatics analysis of the odorant-binding protein HoblOBP2 in olfactory sensilla of the scarab beetle Holotrichia oblita Plant Protection 2013,39 (1) 50-55

华北大黑鳃金龟气味结合蛋白HoblOBP2的生物信息学分析

作  者：
庄绪静;尹姣;李克斌;曹雅忠
单  位：
中国农业科学院植物保护研究所
关键词：
气味结合蛋白;生物信息学;同源建模;分子对接
摘  要：
探讨应用生物信息学技术预测华北大黑鳃金龟触角气味结合蛋白HoblOBP2三维结构及其与苯甲酸己酯的结合模式。利用生物信息学相关工具和网站预测HoblOBP2的基本性质,并对其三维结构进行同源建模后发现HoblOBP2的三维结构具有与昆虫普通气味结合蛋白结构的共同特点,即6个α螺旋,其中除了α2在外的5个α螺旋形成疏水结合口袋,3对二硫键起着稳定蛋白结构的作用。将苯甲酸己酯分子对接到HoblOBP2的活性区域,预测蛋白质与气味分子的结合模式,经分析可知蛋白质与气味分子主要通过范德华力和疏水作用相互影响,蛋白内部形成分子内氢键,根据蛋白与气味分子间的结合特性推测HoblOBP2与气味分子结合的三个关键结合位点分别为:LEU73,THR54和VAL137。
译  名：
Bioinformatics analysis of the odorant-binding protein HoblOBP2 in olfactory sensilla of the scarab beetle Holotrichia oblita
作  者：
Zhuang Xujing,Yin Jiao,Li Kebin,Cao Yazhong(Institute of Plant Protection,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Beijing 100193,China)
关键词：
odorant binding protein;bioinformatic;homology modeling;molecular docking
摘  要：
This study was aimed to predict the 3-D structure and binding mode of the odorant-binding protein HoblOBP2 of the scarab beetle Holotrichia oblita Fald(Coleoptera: Scarabaeidae).The homology modeling and molecular docking were carried out by utilizing relevant bioinformatics tools and online resources.The modeling data showed that HoblOBP2 had 6 α-helices and five antiparallel helices(α1,α3,α4,α5 and α6) converging to form the hydrophobic binding pocket.Three pairs of disulfide bridges enforced the organization of the helices.Based on the docking study,we found that van der Waals interactions and hydrophobic interactions were both important between HoblOBP2 and hexyl benzoate.However,the hydrogen bonds formed by intramolecular residues was crucial for the ligand-binding specificity.Thus,LEU73,THR54 and VAL137 might be the special ligand-binding sites of HoblOBP2.

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