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基于全基因组差异甲基化分析鉴别影响苏姜猪体重的候选基因

作  者:
徐盼;仲德;马政;刘林雨;王怡晖;赵旭庭
单  位:
江苏农牧科技职业学院动物科技学院
关键词:
苏姜猪;DNA甲基化;全基因组重亚硫酸盐测序;体重;候选基因;
摘  要:
本研究旨在分析不同体重苏姜猪的全基因组DNA甲基化差异,以期筛选出影响苏姜猪体重的差异甲基化基因(differentially methylated genes, DMGs)。利用全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing, WGBS)技术分析了3头180日龄高体重和3头180日龄低体重苏姜猪的全基因组DNA的甲基化程度、差异甲基化区域(differentially methylated regions, DMRs)和DMGs,对DMGs进行GO和KEGG分析,鉴别影响苏姜猪体重的候选基因。结果显示,苏姜猪全基因组范围内胞嘧啶(C)的平均甲基化率为4.1%,胞嘧啶(C)甲基化平均98.41%发生在CG序列上,CG序列环境下外显子、内含子和3′UTR的甲基化水平高于启动子和5′UTR。本研究共检测出1 657个DMRs和575个DMGs, 8号染色体上DMRs分布最多,88.89%的DMRs的长度在500 bp以内,62.78%的DMRs分布在远端基因间区,98个DMGs显著富集于TOR信号的负调控、碳水化合物衍生物分解代谢过程、脂肪细胞因子信号通路、FoxO信号通路等53个GO条目和29个信号通路,鉴别到5个与苏姜猪体重相关的候选基因:瘦素受体(leptin receptor, LEPR)基因、肿瘤坏死因子受体相关因子6(tumor necrosis factor receptor associated factor 6,TRAF6)基因、生肌因子6(myogenic factor 6,MYF6)基因、钙依赖性分泌激活因子2(calcium dependent secretion activator 2,CADPS2)基因和表皮生长因子(epidermal growth factor, EGF)基因。本研究利用WGBS绘制了高、低体重组苏姜猪的全基因组DNA甲基化图谱,为深入研究苏姜猪体重差异的分子机制奠定了基础。

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