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Position: Home > Articles > 尾叶紫薇全长转录组测序及微卫星标记开发 Acta Agriculturae Universitatis Jiangxiensis 2021 (4) 919-930

尾叶紫薇全长转录组测序及微卫星标记开发

作者：

章寒;吴宜静;张一鸣;续言;陆泓锦;赵天祎;蔡明;张曼;蔡军火;潘会堂;张启翔

单位：

江西农业大学园林与艺术学院;北京林业大学花卉种质创新与分子育种北京市重点实验室/国家花卉工程技术研究中心/城乡生态环境北京实验室/园林环境教育部工程研究中心/林木花卉遗传育种教育部重点实验室/园林学院

关键词：

尾叶紫薇;全长转录组;分子标记;SSR;

摘要：

【目的】尾叶紫薇是培育香花紫薇的重要种质资源,目前花香功能基因的研究及已开发的SSR分子标记较少,无法满足分子育种研究需求。【方法】采用PacBio sequel平台对尾叶紫薇3个开花时期混样进行全长转录组测序,通过公共数据库对Unigene进行功能注释,利用MISA软件检索全长转录组的SSR位点,Primer3批量设计SSR引物并检测。【结果】测序获得39 087条非冗余、高质量全长转录本,平均长度为2 109 bp,N50长度为2 427 bp,长度主要分布在500～4 000 bp。有38 559条序列（98.64%）获得功能注释,功能主要集中于细胞进程及代谢进程。其中参与花香相关萜类物质合成的有56个,参与脂肪酸衍生物合成的有922个。获得的16 425个SSR位点分布在12 060条序列中,平均每5.02 kb出现1个SSR序列,3 141条序列含有多个SSR位点。SSR位点主要重复类型是二核苷酸和三核苷酸,分别占所有SSR位点的41.95%和31.58%,重复基序类型有96种,AG/CT重复类型的出现频率最高。SSR的重复次数以5～15次为主,长度为10～86 bp,平均为16.84 bp。随机选取52对SSR引物进行PCR检测,有40对引物能产生单一、清晰的条带,有效扩增率为76.92%。【结论】获得与花香物质合成相关基因序列和大量有效SSR标记,将为深入了解尾叶紫薇花香物质合成与代谢、紫薇属植物种质资源评价与保护、分子标记辅助育种等研究奠定基础。

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