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番茄OFP基因家族生物信息学分析

作  者:
程欣
单  位:
重庆大学生物工程学院
关键词:
番茄(Solanum lycopersicum);OFP基因家族;生物信息学分析;蛋白质理化性质;蛋白结构
摘  要:
为了解番茄OFP基因家族的功能特征,通过生物信息学手段对番茄OFP基因家族成员进行全面的生物信息学分析,包括染色体定位、基因结构、蛋白质理化性质、二级结构、三维构象、启动子分析、亲缘关系及组织特异性分析.结果表明,番茄中的31个OFP基因在12条染色体上呈不均匀分布;除SlOFP6、SlOFP7、SlOFP12、SlOFP13基因以外,其余27个OFP基因均不含有内含子结构.蛋白质理化性质分析结果表明,大部分OFP蛋白为不稳定性蛋白,并且54.8%的OFP蛋白分布于细胞核中.蛋白质二级结构和三维构象显示,番茄OFP蛋白以α-螺旋和无规则卷曲为主要组成成分,表明番茄OFP蛋白之间存在保守性.启动子顺式作用元件分析结果表明,番茄OFP基因启动子上主要存在3类元件:光响应、激素响应应答以及逆境胁迫响应元件.而组织特异性分析结果表明,番茄OFP基因在各组织中的表达量差异较大,预示着番茄OFP基因生物学功能的多样性.分析结果将为后续研究番茄OFP基因家族成员的生物学功能提供参考.

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