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利用全基因组关联分析挖掘粳稻直链淀粉含量调控基因

作  者:
郑洪亮;孙世臣;丁国华;王彤彤;赵宏伟;王敬国;刘化龙;韩笑;邹德堂;来永才
单  位:
黑龙江省农业科学院;黑龙江省农业科学院博士后科研工作站;东北农业大学寒地粮食作物种质创新与生理生态教育部重点实验室
关键词:
粳稻;直链淀粉含量;GWAS;候选基因;
摘  要:
直链淀粉含量是评价稻米蒸煮食味品质关键指标,挖掘控制该性状QTLs/基因对于改良稻米品质具有重要意义。研究利用295份粳稻种质组成的自然群体为试验材料,测定2019年和2020年稻米直链淀粉含量,结合重测序得到788 396个高质量SNP,利用Tassel 5.0软件混合线性模型(MLM,Q+K)作全基因组关联分析。结果表明,两年共检测到12个与稻米直链淀粉含量相关QTL,分布在水稻第3、4、11和12染色体上,贡献率范围为8.78%~11.62%,其中qAAC4-2和qAAC12-2在两年中重复检测到。进一步针对这两个QTL区间内所有基因作单倍型分析,结合基因注释和前人研究结果,推测LOCOs04g33640为影响稻米直链淀粉含量新候选基因。

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