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樟叶越桔过氧化氢酶VdCAT1基因的克隆与生物信息学分析

作  者:
陈鹏吉;李国泽;邵亚林;李雪;赵平;陆燕元;丁勇
单  位:
西南林业大学林学院;西南林业大学西南地区林业生物质资源高效利用国家林业与草原局重点实验室;西南林业大学云南省高校林木生物技术重点实验室
关键词:
樟叶越桔;过氧化氢酶;VdCAT1基因;生物信息学;
摘  要:
作为植物抗氧化防御系统的主要保护酶之一,过氧化氢酶在植物细胞响应逆境胁迫应答方面发挥重要作用。本研究通过生物信息学分析RNA-Seq数据(NCBI登录号:PRJNA285946),结合RT-PCR技术首次从樟叶越桔成熟叶片中获得了过氧化氢酶基因VdCAT1全长为1 611 bp的cDNA序列,完整开放阅读框(ORF)长度为1 479 bp;推测编码的VdCAT1蛋白含492个氨基酸,相对分子量为56.96 kD,理论等电点(pI)为6.65,总平均疏水系数为-0.545;推测VdCAT1为无跨膜结构域、非分泌性亲水蛋白质。VdCAT1二级结构主要由随机卷曲和α-螺旋等构件组成。樟叶越桔VdCAT1基因编码的氨基酸序列与茶树CsCAT1和拟南芥AtCAT1等过氧化氢酶氨基酸序列具有较高的同源性和较近的亲缘关系。本研究结果为日后揭示VdCAT1基因的生理学功能及其表达调控机制提供科学依据。

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