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Position: Home > Articles > Codon Usage Bias Analysis of Chloroplast Genome in Camellia nitidissima Molecular Plant Breeding 2022,20 (7) 2196-2203

金花茶叶绿体基因组密码子偏好性分析

作  者:
耿晓姗;贾魏;陈佳宁;何彩芳;朱宇林;刘秦
单  位:
玉林师范学院生物与制药学院
关键词:
金花茶;叶绿体基因组;密码子偏好性;最优密码子
摘  要:
为揭示金花茶叶绿体基因组的密码子偏好性和相关指标变化,探讨适合金花茶叶绿体基因组表达的最佳密码子,本研究利用R语言和Codon W、Microsoft等软件,对金花茶叶绿体基因组中52个编码基因(coding sequence,CDS)的密码子使用模式进行了研究.结果表明,在金花茶叶绿体基因组中,同义密码子的使用偏好以A/U结尾,特别是以U结尾;有效密码子数(effective number of codon,ENC)均大于35,属于弱偏好性;密码子第3位的碱基组成同第1位和第2位存在显著差别,密码子第3位核昔酸的组成对密码子使用偏好性的影响较之其他位点更为重要;除自然选择之外,密码子偏好性还受到突变压力和核苷酸组成等因素的影响;共有16个密码子被鉴定为金花茶叶绿体基因组最优密码子.本研究为金花茶叶绿体基因组的遗传修饰和系统发育研究提供参考.
译  名:
Codon Usage Bias Analysis of Chloroplast Genome in Camellia nitidissima

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