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Position: Home > Articles > Genome-wide identification and analysis of MADS-box gene family in loquat and its potential role in fruit ripening Journal of Fujian Agriculture and Forestry University(Natural Science Edition) 2022,51 (3) 351-360

枇杷MADS-box全基因组鉴定及其在果实成熟过程中的潜在作用

作  者:
刘楠;寇燕;李小婷;陈旭;高欢欢;张晶;王超;郑嘉敏;郑国华
单  位:
福建农林大学园艺学院
关键词:
枇杷;全基因组;MADS-box基因;果实成熟
摘  要:
利用生物信息学方法,从全基因组水平鉴定枇杷MADS-box基因家族成员,并对其系统进化关系、保守结构域、基因结构、基因复制和启动子顺式作用元件进行分析;同时,结合转录组数据和qRT-PCR结果,分析鉴定出的MADS-box基因家族成员在不同品种和不同成熟阶段的表达情况.本研究共鉴定出89个枇杷MADS-box基因(命名为EjMADS1~EjMADS89),其N端都含有MADS结构域.系统发育树显示,Ⅰ型MADS-box基因有31个,Ⅱ型有58个.Ⅱ型MADS-box基因可划分为14个亚族,同属于一个亚家族的基因有着相似的保守基序.MADS-box基因以不同密度分布在第1~17号染色体上,存在12对串联重复基因.转录组分析表明,在果实成熟过程中,有8个MADS-box基因在果实成熟期间差异表达,其中,Ej-MADS26、EjMADS43和EjMADS41这3个基因序列分别与其他调控果实成熟的SEP亚族基因高度相似,且它们的启动子中都含有赤霉素和脱落酸响应元件.另外,EjMADS37和EjMADS05在不同品种间(特早熟/中晚熟)有明显表达差异.综上,推测EjMADS26、EjMADS43、EjMADS41、EjMADS37和EjMADS05对果实成熟有一定的调控作用.
译  名:
Genome-wide identification and analysis of MADS-box gene family in loquat and its potential role in fruit ripening

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