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Position: Home > Articles > Identification and evolutionary analysis of Tc1/Mariner transposons in four catfish genomes Journal of Fisheries of China 2020 (4) 539-550

4种鲇基因组中Tc1/Mariner转座子的鉴定与演化

作  者:
赵连鹏;邵峰;胡竞文;张耀光;彭作刚
单  位:
西南大学生命科学学院淡水鱼类资源与生殖发育教育部重点实验室
关键词:
鲇;基因组;转座子;Tc1/Mariner;演化分析
摘  要:
为了探讨Tc1/Mariner转座子在4种鲇(沟鲇、黑斑原、鲇和南方鲇)中的特征及在演化过程中的作用,实验使用de novo预测和同源预测两种方法鉴定了4种鲇基因组中的Tc1/Mariner转座子并进行演化分析。通过对所获得序列的统计及分类,结果显示,4种鲇基因组中Tc1/Mariner转座子的含量分别为9.46%、2.70%、7.83%和8.54%,并且分别被分为38、20、43和55个家族。基于转座酶催化区域的结构和系统发育分析的结果,4种鲇的Tc1/Mariner转座子总共可以分为5个不同的亚类群:DD34E(Tc1)、DD35E、DD36E、DD37E和DD35D(pogo)。系统发育分析表明,多数支系中鲇和南方鲇的转座子聚为姐妹群。插入时间分析表明,Tc1/Mariner转座子的插入时间主要分布在0~5百万年前。大多数Tc1/Mariner转座子在0~1百万年前或2~3百万年前有一个突然的扩增。另外,4种鲇的Tc1/Mariner转座子大部分插入到基因的内含子中。本实验通过对4种鲇中Tc1/Mariner转座子的鉴定、比较与演化分析,为Tc1/Mariner转座子的深入研究奠定了基础。
译  名:
Identification and evolutionary analysis of Tc1/Mariner transposons in four catfish genomes

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