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Position: Home > Articles > Identification and characterization of HDACs gene family in Kandelia candel and Aegiceras corniculatum Journal of Forest and Environment 2022,42 (2) 184-192

秋茄和桐花树HDACs基因家族鉴定及特征分析

作  者:
肖琳;乐易迅;孙维红;张培兰;邹双全
单  位:
福建农林大学林学院
关键词:
红树植物;秋茄;桐花树;组蛋白去乙酰化酶;全基因组鉴定;系统进化分析;生物信息学
摘  要:
组蛋白去乙酰化酶(HDACs)能积极响应多种非生物胁迫,为了解红树植物秋茄(Kandelia candel)和桐花树(Aegiceras corniculatum)HDACs基因是否参与非生物胁迫,对秋茄和桐花树进行了HDACs全基因组鉴定和进化分析.结果表明,秋茄和桐花树中分别鉴定出13和11个HDACs家族成员,分为RPD3/HDA1、SIR2和HD2共3个亚家族,每个亚家族都具有相似的基因结构和保守的结构域.染色体定位分析发现,秋茄和桐花树HDACs进化均以纯化选择为主.启动子分析发现,秋茄和桐花树HDACs具有多种类型顺式作用元件,其中以激素和光响应相关的元件为主.对无规则卷曲占比高达65%的HD2亚家族进行序列比对发现,其序列N端都缺少保守五肽基序(MEFWG)保守区域,且多被酸性或碱性氨基酸包围.表达量分析结果表明,与拟南芥(Arabidopsis thaliana)HD2亚家族聚类紧密的KcHDT2和AcoHDT1基因在根和果实中高表达,而HD2基因多是参与植物调控耐盐、缺氧及抗强光等胁迫过程的基因.综合分析可知,秋茄和桐花树HDACs家族成员在结构及功能上兼具保守性和特异性,HD2亚家族成员在响应非生物胁迫方面具有潜在功能.
译  名:
Identification and characterization of HDACs gene family in Kandelia candel and Aegiceras corniculatum

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