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基于6个内部基因序列的A型流感病毒的系统发育多样性及分布概况

作  者:
Ji-Ming Chen;邱文英
关键词:
A型流感病毒;系统发育多样性;内部基因;数字命名系统;分布概况
摘  要:
A型流感病毒是人、禽、猪、马及一些海生哺乳动物重要的病原。A型流感病毒能变异成多种复杂的亚型、系及亚系。最近,通过病毒内部HA和NA基因序列,A型流感病毒的系统发育多样性已从整体上进行了描述,但其6个内部基因(PB2,PB1,PA,NP,MP和NS)的进化关系仍不清楚。作者通过NCBI中的流感病毒数据库,从GenBank中选取具有代表性的6个病毒内部基因的2798条序列。然后,使用MEGA4.1和RAxML 7.0.4软件对这些代表性序列之间的进化关系进行计算。根据进化树以及病毒在宿主、区域和时间上的分布的拓扑结构进行系和亚系的分类。结果构建了A型流感病毒6个内部基因的发育树概况图。通过一种假定的通用的数字命名系统对基于6个内部基因的型间各系和亚系进行分类和命名。通过概况图对流感病毒在不同地区、时期和宿主流通的多样性进行了分析。本研究首次呈现了基于6个内部基因的A型流感病毒的系统发育多样性和分布的概况图,同时还提出了针对病毒系和亚系的一种假定通用的命名系统,这些可以作为概括病毒历史和推测以后发展的候选形式,能促进以后在病毒系统发育多样性和进化上的科学交流。另外,本研究还提出了一种用以识别病毒新型的发育图,包括大规模流行的A型(H1N1)流感病毒的起源。

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