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当前位置: 首页 > 文章 > 虎皮鹦鹉全基因组中微卫星分布规律研究 野生动物学报 2017 (3) 422-426
Position: Home > Articles > Distribution of Microsatellites in Genome of Budgerigar( Melopsittacus undulatus) Chinese Journal of Wildlife 2017 (3) 422-426

虎皮鹦鹉全基因组中微卫星分布规律研究

作  者：
黄杰;原宝东;杨承忠
单  位：
重庆师范大学生命科学学院;商丘师范学院生物与食品学院
关键词：
虎皮鹦鹉;基因组;微卫星
摘  要：
对虎皮鹦鹉(Melopsittacus undulatus)全基因组中微卫星分布特征进行了分析,查找到l~6个碱基重复类型的微卫星序列共90 346个,约占整个基因组总长度的序列(1.1Gb)的0.41%,分布频率为82.9/Mb。不同类型微卫星中,单碱基重复类型数目最多,为50 349个,占总数的55.7%;其次是二、四、三、五、六碱基重复单元序列,分别占到总数的16.3%,13.7%,10.8%,2.9%,0.5%。单碱基微卫星中A重复类型数量最多,二碱基中AT最多,三碱基中AAT,四碱基中AAAC最多,五碱基中AAAGA最多,六碱基中AACCCT最多。A、AT、C、AC、AAT、AAAC、AAAT、AGG、AGC、AG、AAAG、AAC、ATCC、AAGG、AGAT、ATC、AACC、ACC依次是虎皮鹦鹉基因组中分布数量最多的18种微卫星重复拷贝类型。本研究将为虎皮鹦鹉微卫星标记的分离筛选、遗传多样性的研究以及不同物种微卫星的比较分析奠定了基础。
译  名：
Distribution of Microsatellites in Genome of Budgerigar( Melopsittacus undulatus)
作  者：
Huang Jie;Yuan Baodong;Yang Chengzhong;College of Biology and Food Sciences;College of Life Science,Chongqing Normal University;
关键词：
Melopsittacus undulates;;Genome;;Microsatellite
摘  要：
We analyzed the distribution of microsatellites in the entire genome of budgerigar(Melopsittacus undulatus).A total of 90 346 simple sequence repeats(SSRs) with 1~6 bp nucleotide motifs were identified,means that about 0.41% of the budgerigar genome was occupied by SSRs.And the frequency of SSR was 82.9/Mb.In the different repeat types of the microsatellites,mononucleotide repeat motifs was the most abundant type(55.7%),while the tetranucleotide,dinucleotide,trinucleotide,pentanucleotide and hexanucleotide repeats were 16.3%,13.7%,10.8%,2.9% and 0.5%,respectively.Moreover,A,AT,AAT,AAAC,AAAGA,AACCCT were the most frequent repeat copy units of the six motif types,respectively.In the budgerigar genome,A,AT,C,AC,AAT,AAAC,AAAT,AGG,AGC,AG,AAAG,AAC,ATCC,AAGG,AGAT,ATC,AACC,and ACC were the predominant repeat types.This study will facilitate the isolation of microsatellites and the genetic diversity analysis of budgerigar,and serve as a foundation for comparative studies of microsatellites in different species.

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