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2015-2017年我国部分地区猪非典型瘟病毒的遗传变异分析

作  者:
吴伟鑫;黄金;周磊;杨汉春
单  位:
中国农业大学动物医学院
关键词:
猪非典型瘟病毒;E2基因;遗传变异分析
摘  要:
猪非典型瘟病毒(atypical porcine pestivirus,APPV)是一种能引起仔猪先天性震颤的病原.为了解我国APPV感染状况、基因组以及遗传变异特征,采用套式RT-PCR方法,对2015—2017年我国22个省(自治区、直辖市)93个猪场的285份血清样本进行了APPV核酸检测和E2基因序列分析;并对发病猪组织样本进行了APPV全基因组扩增与序列测定和遗传变异分析.结果显示,检测样本的APPV阳性率为25.26%(72/285,95%CI=20.3% ~30.7%),且阳性率逐年升高;猪场APPV阳性率为38.71%(36/93,95%CI=59.7% ~94.8%).扩增出的35条A PPV E2基因的核苷酸序列相似性为83.4% ~100.0%,推导氨基酸序列相似性为90.5% ~100.0%.基于E2基因的遗传变异分析显示,APPV临床毒株可被分为4个亚群,大多数国内APPV临床毒株可归入亚群1,与美国的000515株遗传关系较近;少数临床毒株与Bavaria S5/9、NL1 Farm1等欧美毒株同属于亚群2;6条测定序列被划分至亚群3;亚群4的成员均来自广东;其中亚群3与亚群4均由国内APPV临床毒株构成.全基因组序列遗传变异分析表明,全球APPV毒株可归为2大分支,本研究中测序的毒株CHheb1701与所有国外毒株属于同一分支,且与GX04/2017遗传关系最近,与美国毒株000515同聚为一簇;而第二分支中的毒株均来自我国广东省.以上研究表明,我国猪群中A PPV感染已较为普遍,毒株多样且变异广泛,同时,也提示毒株可能有不同的来源,为进一步开展A PPV的防控及相关研究奠定了重要基础.
译  名:
Phylogenetic Characterization of Atypical Porcine Pestivirus in Partial Regions of China during 2015-2017

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