木薯叶绿体基因组密码子偏好性分析
广西亚热带作物研究所
- 摘 要：
- 利用Codon W等软件,对木薯叶绿体基因组55条蛋白编码序列的密码子进行了分析.发现木薯叶绿体基因组密码子的GC分布不均匀,平均含量为37.81%,其中GC1、GC2、GC3的含量分别为46.64%、39.19%和27.58%;GC3s的平均含量为24.46%,表明木薯叶绿体密码子中A或T的使用频率高于G和C.有效密码子数(ENC)的平均值为47.57,说明木薯叶绿体基因组密码子的偏好性较弱.中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析结果表明木薯叶绿体基因组密码子的使用偏好主要受选择的影响.RSCU>1的密码子共有30个,其中97%的密码子以A或T结尾,再次证明木薯偏爱使用以A或T结尾的密码子.筛选出最优密码子9个,分别是TTG、TCA、CCA、CAT、AAT、GAT、CGA、AGA、GGA.
关键词：木薯;叶绿体基因组;密码子;使用偏好性;最优密码子
相似文章
-
广西主要气象灾害对木薯种植的影响及防灾减灾措施 [卢赛清, 吴勇, 雷开文, 马崇熙, 韦丽君] 农业灾害研究 2022,12 (2) 62-64
-
品种和施肥对合浦县木薯生产的影响 [罗燕春, 苏文潘, 石兰蓉, 曾新华, 黎伟军, 赵英] 热带农业工程 2022,46 (2) 83-86
-
高产高淀粉木薯新品种桂热11号的选育 [周时艺, 俞奔驰, 宋恩亮, 雷开文, 马崇熙, 卢赛清, 韦丽君] 福建农业学报 2022,37 (2) 138-145
-
木薯枯草杆菌蛋白酶家族鉴定及MeSDD1的功能分析 [肖亮, 鲍茹雪, 曹升, 陆柳英, 尚小红, 曾文丹, 聂宣红, 严华兵] 核农学报 2022,36 (7) 1308-1317
-
越南木薯生产概况 [吕荣华, 谢春斌, 陈雷, 曾媛, TRAN VAN QUANG, 吕佳茗] 湖南生态科学学报 2021 (3) 61-68
-
木薯种茎越冬贮藏期间适宜温、湿度分析 [申章佑, 林洪鑫, 李华丽, 周佳, 李艳英, 周灵芝, 劳承英, 韦本辉] 中国农业大学学报 2022,27 (2) 57-65
-
木薯MeSWEET10a基因启动子EBE区编辑载体的构建及验证 [张彤, 王亚杰, 郭文雅, 李瑞梅, 刘姣, 郭建春, 胡新文, 姚远, 耿梦婷] 热带作物学报 2021 (11) 3120-3125
-
化肥减施下木薯产量及养分吸收利用特征 [罗梁元, 薛欣欣, 魏云霞, 黄洁, 张永发, 赵春梅, 罗雪华, 王文斌] 热带作物学报 2021 (11) 3173-3179
-
木薯谷胱甘肽过氧化物酶(MeGPX)基因全基因组鉴定及表达分析 [曹敏, 王海, 冯亚亭, 陈银华, 骆凯] 分子植物育种 2022,20 (3) 722-732
-
木薯收获过程中机械损伤及减损方法探析 [李玲, 邓干然, 崔振德, 覃双眉, 何冯光] 现代农业装备 2022,43 (1) 49-54
