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Position: Home > Articles > Genetic diversity and structure analysis of Gulin wild tea resources based on GBS technology Southwest China Journal of Agricultural Sciences 2023,36 (6) 1141-1149

基于GBS测序的古蔺野生茶树遗传多样性与群体遗传结构分析

作  者：
王小萍;刘飞;李明红;张厅;赖谦;刘晓;熊元元;唐晓波;李春华;王云
单  位：
关键词：
GBS测序;古蔺;野生茶树;遗传多样性;遗传结构
摘  要：
[目的]研究古蔺县野生茶树的遗传多样性和群体遗传结构,揭示其遗传分化特征.[方法]利用GBS技术对65份野生茶树进行简化基因组测序,基于获得的高质量SNP,对参试野生茶树进行遗传多样性参数、遗传分化Fst变量、系统进化、PCA主成分以及遗传结构分析.[结果]65份野生茶树测序共获得74.48 G数据,540 633 846条高质量reads,通过比对获得769 893个高质量SNP;平均有效等位基因数为1.1284个,多态性位点比例(PPL)为57.33%,观测等位基因数(Na)为0.4267~0.9147,最小等位基因频率(Maf)为0.1514~0.5000,基因多样性指数(Nei)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.0632~0.1328和0.0404~0.1233,多态性信息含量(PIC)介于0.0312~0.1025,香农指数(Shi)为0.0576~0.1990,遗传分化指数Fst变化范围为-0.7042~0.4372;遗传结构与系统进化分析可将65份野生茶树材料划分为2个亚群,而PCA分析则可划分为4个亚群.[结论]65份野生茶树遗传多样性指数较低,亲缘关系较近,存在频繁的基因交流.本研究可为后续表型性状关联分析和品种选育提供依据.
译  名：
Genetic diversity and structure analysis of Gulin wild tea resources based on GBS technology
关键词：
GBS technology%Gulin%Wild teas%Genetic diversity%Genetic structure

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