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当前位置: 首页 > 文章 > 沟眶象转录组微卫星特征分析 环境昆虫学报 2016,38 (5) 979-983
Position: Home > Articles > Characteristic analysis of microsatellite in Eucryptorrhynchus chinensis transcriptome Journal of Environmental Entomology 2016,38 (5) 979-983

沟眶象转录组微卫星特征分析

作  者：
武政梅;高朋;温俊宝
单  位：
北京林业大学林木有害生物防治北京市重点实验室
关键词：
沟眶象;微卫星;转录组;重复类型;重复基元
摘  要：
本研究基于高通量测序获得的沟眶象Eucryptorrhynchus chinensis(Olivier)转录组数据,采用MISA(Micro Satellite)软件对其简单序列重复(simple sequence repeat,SSR)位点进行了高通量发掘。对筛选得到的1 kb以上的Unigene(17590条,占Unigene总数的26.98%)进行了SSR分析,结果发现含SSR的序列有1665条,共发现1823个SSR,平均32.52 kb出现一个SSR。沟眶象微卫星主要以三碱基重复类型为主(637,34.94%),其次为单碱基重复(576,31.60%)。共发现104种碱基重复基元,所占比例最高的为(A/T)n(30.39%),其次为(AT/AT)n(6.91%)。沟眶象SSR的平均长度为15.74 bp,长度大于20 bp的SSR仅占总数的12.70%。研究还发现沟眶象微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关(P<0.01),相关系数为-0.572。研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行沟眶象功能基因组学、种群遗传结构、种群遗传多样性等研究奠定了基础。
译  名：
Characteristic analysis of microsatellite in Eucryptorrhynchus chinensis transcriptome
作  者：
WU Zheng-Mei;GAO Peng;WEN Jun-Bao;Beijing Key Laboratory for Forest Pest Control,Beijing Forestry University;
关键词：
Eucryptorrhynchus chinensis;;microsatellite;;transcriptome;;repeat type;;repeat motif
摘  要：
According to the constructed transcriptome database of Eucryptorrhynchus chinensis, the microsatellites have been explored at a high-throughput scale by using Micro Satellite identification tool. The microsatellites in the unigenes(the length ≥1 kb)(17590,26. 89%) were analyzed and a total of 1823 SSR were identified in 1665 unigenes,with one SSR per 32. 52 kb. Tri-nucleotide repeats were the most abundant(637,34. 94%),followed by mono nucleotide repeats(576,31. 60%). Among all the 104 SSR motifs,(A/T) n was the most frequent repeat motif(30. 39%),followed by(AT/AT) n(6. 91%). The average length of microsatellites was 15. 74 bp,the microsatellites over 20 bp were only 12. 70%. There was significant negative correlation(P < 0. 01) between the frequency and the length of microsatellites in e.chinensis transcriptome and the correlation coefficient was-0. 572. These results lay a foundation for developing high polymorphic microsatellites to research the functional genomics,population genetic structure and genetic diversity of e. chinensis.

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