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Position: Home > Articles > Characterization of Codon Usage of Arabidopsis thaliana POT Gene Hubei Agricultural Sciences 2013,52 (4) 221-223+228

拟南芥POT基因密码子使用特性分析

作者：

汪福源;唐宁;杨平

单位：

南京晓庄学院生物化工与环境工程学院;中国药科大学高等职业技术学院

关键词：

拟南芥(Arabidopsis thaliana);POT基因;密码子

摘要：

运用CodonW程序对拟南芥(Arabidopsis thaliana)POT基因密码子组成、同义密码子使用频率和全长编码区密码子进行分析。结果表明,拟南芥POT基因密码子适应指数(CAI)与同义密码子第三位碱基含量(C3s)、密码子偏爱指数(CBI)均呈显著正相关(P<0.05),与最优密码子使用频率(FOP)呈极显著正相关(P<0.01)。有效密码子数(ENC)与同义密码子第三位碱基含量(C3s)呈显著正相关(P<0.05),与GC3s呈极显著正相关(P<0.01),与同义密码子第三位碱基含量(T3s)呈极显著负相关(P<0.01)。拟南芥POT基因密码子使用相对概率(RSCU)>1的密码子多以碱基A或T结尾。

译名：

Characterization of Codon Usage of Arabidopsis thaliana POT Gene

作者：

WANG Fu-yuan1,TANG Ning2,YANG Ping2(1.Higher Vocational and Technology School,China Pharmaceutical University,Nanjing 211198,China; 2.School of Biochemistry and Environmental Engineering,Nanjing Xiaozhuang College,Nanjing 211171,China)

关键词：

Arabidopsis thaliana;POT gene;codon

摘要：

CodonW software was applied to analyze the nucleotide composition,relative synonymous codon usage and other parameters of Arabidopsis thaliana POT gene.The results indicted that CAI was significantly positively correlated with C3s and CBI(P<0.05),and very significantly positively correlated with FOP(P<0.01);ENC was significantly positively correlated with C3s content(P<0.05),very significantly positively correlated with GC3s(P<0.01),and very significantly negatively correlated with T3s(P<0.01).Most codons with RSCU>1 of A.thaliana POT gene ended with A and T.

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