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Position: Home > Articles > Bioinformatic analysis of Arabidopsis thaliana Transcription Termination Factor PDE191 Hubei Agricultural Sciences 2015 (17) 4332-4337

拟南芥转录终止因子PDE191的生物信息学分析

作者：

熊伟;刘久东;杨飞;杨勇琴;张海洋;左绍远

单位：

大理大学基础医学院;云南农业大学烟草学院;江苏省仪征市农业委员会

关键词：

拟南芥(Arabidopsis thaliana);转录终止因子;色素缺失突变191;生物信息学

摘要：

为了预测和分析拟南芥(Arabidopsis thaliana)转录终止因子PDE191蛋白质的结构与功能,采用生物信息学的方法对PDE191蛋白质进行了系统研究,包括PDE191蛋白质的理化性质、跨膜区和信号肽、亚细胞定位、二级结构、功能域、蛋白质的功能分类预测、多重序列比对与系统发育树构建、三级结构建模。结果表明,拟南芥PDE191蛋白质属于植物m TERF蛋白质家族的成员,其蛋白质相对分子质量为37.89 ku,等电点为9.12,不具有信号肽和跨膜区。该蛋白质定位于细胞叶绿体,N端1-30位氨基酸为前导肽序列。其二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲,包含7个m TERF基序,三级结构显示结果与二级结构预测结果相符。蛋白质多重序列比对和聚类分析显示,在玉米、蓖麻、杨树、大豆、葡萄、水稻和高粱等高等植物中存在与拟南芥PDE191蛋白质高度同源性的蛋白质,尤其是与玉米PDE191蛋白质相似性高达99%。

译名：

Bioinformatic analysis of Arabidopsis thaliana Transcription Termination Factor PDE191

作者：

XIONG Wei;LIU Jiu-dong;YANG Fei;YANG Yong-qin;ZHANG Hai-yang;ZUO Shao-yuan;Basic school of medicine, Dali University;Yunnan Provincial Key Laboratory of Entomological Biopharmaceutical R&D;Yizheng Agricultural Committee;College of Tobacco, Yunnan Agricultural University;

关键词：

Arabidopsis thaliana;;transcription termination factor;;pigment defective 191;;bioinformatics

摘要：

To research the structure and biological function of the Arabidopsis thaliana transcription termination factor PDE191, bioinformatic methods were used to make systematical analysis, including physical and chemical properties, hydrophobicity, transmembrane region, signal peptide, secondary structure, functional domain and assortment, multiple alignment, phylogenetic tree and three-dimensional structures. The results showed that PDE191 belonged to hydrophilic protein,and the calculated molecular mass was 37.89 ku and the theoretical isoelectric point was 9.12, without signal peptide and transmembrane regions; PDE191 localized in chloroplast with a transit peptide of 1-30 aa at the N-terminal; the secondary structure was mainly composed of a-helix and random coil, and contained seven m TERF motifs; the three-demensional structure prediction expressed similar result with secondary structure prediction; the multiple alignment and clustering analysis showed that PDE191 was α orthologous protein of m TERF protein family, and had high similarity to those in zea mays, ricinus communis,glycine max,vitis vinifera,populus trichocarpa,sorghum bicolor,and oryza sativa proteins. Our research provided bioinformation for the further study of the function of Arabidopsis thaliana PDE191.

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