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团头鲂基因组微卫星特征及SSR位点开发

作  者:
张芹;王延晖;王冰柯;屈长义
单  位:
河南省水产科学研究院
关键词:
团头鲂;基因组;SSR;多态性;种质资源;遗传多样性;分子育种
摘  要:
为充分挖掘和利用团头鲂种质资源,有效开展品种间遗传多样性分析及分子育种工作,利用生物信息学方法分析团头鲂基因组数据,共检测序列18 243条,其中,含有SSR位点的序列为3 940条,占总检测序列条数的21.60%,检测出SSR位点共350 898个,平均约3.1 kb出现1个SSR位点.其中,二核苷酸重复的位点最多,占总SSR位点的67.43%;三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复分别占14.68%、14.83%、2.89%和0.16%.350 898个SSR位点中共有257种重复基序,二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复基序类型占比最高的分别为 AT/AT(29.46%)、AAT/ATT(8.56%)、AGAT/ATCT(4.57%)、AATAT/ATATT(0.97%)和 AACCCT/AGGGTT(0.06%).设计合成288对SSR荧光引物,有149对引物能够稳定扩增出与预期产物一致的条带,93对引物表现出多态性.综上所述,该研究发掘团头鲂基因组SSR位点,设计和合成SSR引物,验证其多态性,为团头鲂分子指纹图谱构建、种质资源的创新利用奠定了基础.

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