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Position: Home > Articles > Characterization and Bioinformatics Analysis of 4SNc-Tudor Domain Protein of Takifugu rubripes Journal of Anhui Agricultural Sciences 2010,38 (3) 1163-1166

河豚4SNc-Tudor蛋白的鉴定及生物信息分析

作者：

徐庆刚;陆健;郑建洲;陈华友;陈克平

单位：

江苏大学生命科学研究院

关键词：

河豚;MALDI-TOFMS;4SNc-Tudor;生物信息学

摘要：

[目的]对河豚4SNc-Tudor蛋白(SN4TDR)进行序列与结构相关的生物信息分析,为认识该蛋白结构与功能提供借鉴。[方法]应用双向电泳及基质辅助激光解吸离子化-飞行时间质谱(MALD I-TOFMS)技术,从河豚肝脏总蛋白中鉴定到河豚的4SNc-Tudor结构域蛋白。并对其进行生物信息学分析。[结果]首次从河豚肝脏总蛋白中鉴定到河豚的4SNc-Tudor结构域蛋白SN4TDR。河豚SN4TDR定位于细胞质,无信号肽,为非分泌蛋白,有多个磷酸化位点。蛋白SN4TDR存在α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲结构,有一个可能形成跨膜结构的片段。并用同源建模的方法,预测了河豚SN4TDR的三维结构模型。[结论]分析河豚SN4TDR基因及蛋白结构,有助于进一步研究该蛋白及其基因的分子和生物学功能。

译名：

Characterization and Bioinformatics Analysis of 4SNc-Tudor Domain Protein of Takifugu rubripes

作者：

XU Qing-gang et al(Institute of Life Science,Jiangsu University,Zhenjiang,Jiangsu 212013)

关键词：

Takifugu rubripes;MALDI-TOF MS;4SNc-Tudor;Bioinformatics

摘要：

[Objective]To provide a structural and functional bioinformatics analysis of 4SNc-Tudor domain protein(SN4TDR) in Takifugu rubripes,which can be refered to subsequently.[Methods]Two-dimensional gel electrophoresis(2-DE) and matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry(MALDI-TOF MS) were used to identify the SN4TDR protein from T.rubripes liver.Various methods were used in bioinformatics analysis.[Results]The SN4TDR protein was first identified in T.rubripes.And it's a non-secreted protein with multiple phosphorylation sites and without signal peptide,and located in the cytoplasm.The SN4TDR protein contains such structures as α helix,β-sheet,random coil and a transmembrane structure.A 3D model of SN4TDR was built by using the homology modeling.[Conclusion]The bioinformatics analysis of SN4TDR would be engaged to the comprehension of molecular and biological functions of this protein.

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