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Position: Home > Articles > Comparison of Genomic DNA Extraction Methods and Optimization of SCoT-PCR Reaction Systems for Artocarpus integer(Thunb.) Merr. Molecular Plant Breeding 2017 (4) 1338-1346

榴莲蜜基因组DNA提取方法比较及SCoT反应体系的优化

作  者：
崔健;胡福初;陈哲;郭利军;段恋
单  位：
海南大学热带农林学院海南省农业科学院热带果树研究所海南省热带果树生物学重点实验室农业部海口热带果树科学观测试验站;海南省农业科学院热带果树研究所农业部海口热带果树科学观测实验站;海南省农业科学院热带果树研究所/农业部海口热带果树科学观测实验站/海南省热带果树生物学重点实验室;海南省农业科学院热带果树研究所/海南省热带果树生物学重点实验室/农业部海口热带果树科学观测实验站海南大学环境与植物保护学院
关键词：
榴莲蜜;DNA提取;SCoT;PCR反应体系
摘  要：
本研究以榴莲蜜(Artocarpus integer(Thunb.)Merr.)品种‘多异1号’嫩叶为试材,通过比较5种CTAB法,提取到高质量的榴莲蜜基因组DNA,利用正交设计L25(56)探究了Mg~(2+)、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物及模板DNA用量对榴莲蜜SCoT-PCR反应的影响,在此基础上对退火温度进行了优化,建立了SCoT反应体系。结果表明:使用含有4%β-巯基乙醇和12.5 mmol/L硼砂的2%CTAB提取缓冲液,两次抽提后用1/2体积无水乙醇和与上清等体积的4 mol/L LiCl沉淀RNA,能够提取到高质量的基因组DNA;优化后的20μL榴莲蜜SCoT-PCR反应体系含有Mg~(2+) 2 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶1 U、引物0.375 mol/L、模板DNA 10 ng,最适退火温度48.2℃。该体系可以为榴莲蜜遗传多样性分析、基因定位等提供技术支持。
译  名：
Comparison of Genomic DNA Extraction Methods and Optimization of SCoT-PCR Reaction Systems for Artocarpus integer(Thunb.) Merr.
作  者：
Cui Jian;Hu Fuchu;Chen Zhe;Guo Lijun;Duan Lian;Fan Hongyan;He Fan;Institute of Tropical Agriculture and Forestry,Hainan University;Tropical Fruit Tree Research Institute,Hainan Academy of Agricultural Sciences,Investigation Station of Tropical Fruit Trees,Ministry of Agriculture,Key Laboratory of Tropical Fruit Tree Biology of Hainan Province;
关键词：
Artocarpus integer(Thunb.) Merr.;;DNA extraction;;SCoT;;PCR reaction system
摘  要：
In this research we took leaves of Artocarpus integer(Thunb.) Merr.Cultivar 'Duoyi Yihao'as materials to extract the high quality GenomicDNA by the method of comparisons of five CTAB.The effects of different concentrations levels of Mg~(2+),d NTPs,Taq DNA polymerase,primer,template DNA on SCoT reaction were tested by using orthogonal design L25(56) and the annealing temperature was optimized,as a result an optimal SCoT reaction system of Artocarpus integer(Thunb.) Merr.was established.The results showed that it can isolated highquality genomicDNA by using 2% CTAB buffer solution containing 4% β-mercaptoethanol and 12.5 mmol/L borax for twice extraction,and then by using 1/2 volume absolute ethyl alcohol and 1/2 volume 4 mol/L Li Cl to make the RNA precipitation.The concentration of Mg~(2+) for SCoT reaction was 2.0 mol/L,that for d NTPs,Taq DNA polymerase,primer,template DNA,and the annealing temperature were 0.2 mol/L,1 U,0.375 mol/L,10 ng and 48.2℃ respectively.The SCoT system established in this report provided technical support for genetic diversity analysis and Gene Mapping of Artocarpus integer(Thunb.) Merr.,which possessed considerable potential for breeding.

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