由20株杜氏藻的18S rDNA系统发育树可知, 所有藻株间的亲缘关系较近(以Dunaliella sp. YC01为参考), 均属于杜氏藻属, 可用于下一步种内的系统发育分析。

20株杜氏藻ITS的PCR扩增结果均呈阳性。在杜氏藻ITS基因中, A和G之间的替换率最高(A/G: 13.71, G/A: 14.54), 其他碱基间的替换率较低(表 2)。杜氏藻ITS基因间的遗传距离为0.01—0.58。将最大似然树、邻接树和贝叶斯树结合, 以邻接树为模板作为结合树形, 并在节点处辅以3种算法的支持率进行显示(图 1A)。杜氏藻ITS系统发育结果显示, 20株杜氏藻品系整体亲缘关系较近(各分支的支持率相对较高, 与外类群显著分离), 大体可分为两簇。第一簇中D19和D20间的支持率达100/1/100, 证实这2个品系确为D. salina, D1和D5间的支持率也为100/1/100, 推测它们极可能为同1个品系, 也提示了两者的原始鉴定记录或有偏差。第二簇中D7、D11、D12、D15和D18间的支持率达100/1/100, 表明5株杜氏藻间遗传关系很近, 但其中又有遗传变异存在, 如D7与D12间仍存在部分差异(支持率: 74/−/89)。

20株杜氏藻cox2-3的PCR扩增结果均呈阳性。在杜氏藻cox2-3基因中, G和A、T和C之间替换率最高(A/G: 19.15, T/C: 15.21), 其他碱基间的替换较低(表 3)。杜氏藻cox2-3基因间的遗传距离为0.01—0.68。杜氏藻的cox2-3系统发育结果显示(图 1B), 20株品系可划分为两簇且亲缘关系较为接近(各分支的支持率相对较高, 与外类群显著分离)。第一簇的D1、D2、D3、D4、D9和D10遗传关系较近(支持率: 99/−/77), 聚为一个分支; D5、D6、D16和D17则依次单独聚为旁支。第二簇中的D13单独聚为一支, D7与D12聚为另一支且亲缘关系较近(支持率: 99/1/100); D8、D11、D14、D15、D18、D19和D20聚为另一个分支(支持率: 89/1/65), 其中D11与D15亲缘关系极近(支持率: 100/1/100), 推测它们可能属同一品种, 同时也提示两者的原始鉴定记录或有偏差。