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Position: Home > Articles > Analysis of SSR Site Information in Transcriptome of Oreochromis aurea Based on RNA-seq Journal of Henan Agricultural Sciences 2020,49 (11) 147-152

基于RNA-seq技术的奥利亚罗非鱼转录组SSR位点信息分析

作  者:
周康奇;潘贤辉;黄姻;覃俊奇;徐俊龙;杜雪松;文露婷;陈忠;潘志忠;邓潜;林勇
单  位:
广西壮族自治区水产科学研究院/广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室/广西水产良种南繁基地;广西钦州农业学校
关键词:
奥利亚罗非鱼;转录组;多态性;SSR位点信息;RNA-seq
摘  要:
为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记.结果显示,拼接组装获得了71009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10875个SSR位点,含有位点序列的数量为8315条,占总序列的11.71%.奥利亚罗非鱼转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到5种不同核苷酸重复类型和126种不同重复基序.其中,二核苷酸串联重复单元类型的含量最多(5779个),占总位点数的53.14%;而在二核苷酸重复类型中AC/GT基序类型出现频率最高(3954个,占36.36%).此外,SSR位点以6次重复次数为主(3048个),占总位点数的27.77%;SSR位点序列长度分布于12~254 bp,其中具有高度多态性位点3480个(占比29.14%),中等多态性位点8462个(占比70.86%).
译  名:
Analysis of SSR Site Information in Transcriptome of Oreochromis aurea Based on RNA-seq

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