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几个中国地方猪群体遗传结构和产仔数性状选择信号分析

作  者:
路玉洁;莫家远;綦文晶;朱思燃;杨丽丽;刘巧玲;卜亚歌;兰干球;梁晶
单  位:
广西大学动物科学技术学院
关键词:
群体遗传结构;产仔数;选择信号;SNP位点;候选基因
摘  要:
旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因.本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、16头五指山猪在内的低产仔数组和包括11头姜曲海猪、20头蓝塘猪、20头梅山猪在内的高产仔数组,经质控和基因型填充后,使用软件进行亲缘关系分析、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析、进化树构建和选择信号分析,并对受选择位点进行基因定位和功能富集分析.对数据进行质控和基因型填充后共获得33285个SNPs位点,6个中国地方猪品种间个体的亲缘关系较远,品种内个体亲缘关系较近;6个群体的LD衰减速度都非常快,依次为梅山猪<蓝塘猪<姜曲海猪<明光小耳猪<五指山猪或迪庆藏猪;梅山猪群体内存在3个亲缘关系较高的小群体,明光小耳猪有部分个体与迪庆藏猪聚集在一起,各个猪种在进化树的距离与其地理距离较为一致.选择信号分析共筛选到176个受选择的SNPs位点,在其上、下游12.68 kb范围内共检测到66个候选基因,富集到6条信号通路.通过文献查阅发现5个可能与繁殖性状相关的基因,其中CHD7与生长发育迟缓和生殖器异常相关,FBXO43与繁殖力相关并且影响呈圆周运动的精子数量,RUNX1控制雌激素、雄激素和前列腺素的分泌,STRBP与卵巢发育有关,TEDDM1在附睾中特异性表达.CHD7、FBXO43、RUNX1、STRBP和TEDDM1基因可能作为中国地方猪产仔数性状的候选基因.
译  名:
Population Genetic Structure and Selection Signatures Associated with Litter Size Trait in Several Chinese Indigenous Pig Breeds

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